José Augusto Guilhon Albuquerque nasceu em 1940, em Belém do Pará, e ainda criança mudou-se para o Rio de Janeiro, onde seus pais se fixaram. Terminou o secundário no Colégio de Pedro II, e formou-se em Filosofia na então Universidade do Brasil, mais tarde Federal do Rio de Janeiro, onde presidiu o Diretório Acadêmico e dirigiu o núcleo da Juventude Universitária Católica, tendo participado da resistência estudantil à tentativa de golpe contra a posse de Jango Goulart em 1961.
Em 1964, após ser nomeado para a Comissão Nacional de Cultura Popular instituída por Jango – que nunca chegou a se reunir devido ao golpe militar -, foi indiciado por subversão nos Inquéritos Policial-Militares da Cultura Popular e do Plano Nacional de Alfabetização. Recém-formado e recém-casado, decidiu deixar o País com uma bolsa de pós-graduação do governo belga. Por 8 anos permaneceu na Université Catholique de Louvain, onde fez o doutorado em Sociologia e trabalhou como pesquisador e auxiliar de ensino. Além da Sociologia, dedicou-se paralelamente ao estudo de Filosofia das Ciências e de Psicanálise. Foi nessa época que manteve contato com suas referências intelectuais mais duradouras, o sociólogo Alain Touraine e o filósofo Louis Althusser e, mais tarde, já de volta ao Brasil, o também filósofo Michel Foucault.
Voltou para o Brasil em 1973, ainda em plena ditadura, convidado por Leôncio Martins Rodrigues para compor a área de Ciência Política da USP. Em 1974 integrou um pequeno grupo de cientistas sociais, liderado por Fernando Henrique Cardoso, que discutia semanalmente a política nacional e publicava editoriais assinados no jornal Opinião, ainda sob pesada censura. A partir daí, sem abandonar seu forte envolvimento acadêmico, na época orientado para a análise do poder nas instituições, manteve colaboração contínua com o grupo político de Fernando Henrique, Franco Montoro e José Serra, tendo servido na administração municipal, estadual e federal.
Na USP, liderou a criação do Departamento de Ciência Política, do qual foi o primeiro Chefe, e do Núcleo de Pesquisa em Relações Internacionais, que dirigiu até sua aposentadoria em 2005, já no Departamento de Economia, também na USP. Foi também Chefe de Gabinete do reitor e Presidente da Comissão de Cooperação Internacional.
Proferiu aulas e palestras em uma dezena de Universidades no Brasil e no exterior, e foi professor visitante na cátedra Jacques Leclerq da Université Catholique de Louvain, na Georgetown University em Washington D.C., na cátedra Brasil da Universidad Central de Venezuela, e Visiting Fellow na Chatham House, Londres, onde assumiu a cátedra Rio Branco. Publicou algumas dezenas de livros e mais de uma centena de artigos acadêmicos em português, francês, inglês, alemão, russo e espanhol, e colaborou em todos os jornais e revistas de circulação nacional.
Foi agraciado com as medalhas da Ordem Nacional do Mérito Científico, da Ordem do Mérito da Defesa, da Ordem do Ipiranga e da Ordem de Rio Branco. Casado com a professora Elizabeth Balbachevsky, também da USP, tem duas filhas, Ana e Helena, e compartilha com a família a paixão por cavalos e cachorros.